Από πού και πότε προήλθε η ονομασία του Γάλλου δεν είναι απόλυτα εξακριβωμένη, υπάρχουν διάφορες εκδοχές.
Μία από αυτές αναφέρει το όνομα Γάλλου ότι προήλθε από τον Γάλλο φιλέλληνα ταγματάρχη Βαλέστρα, ο οποίος στις 14- 26 Απριλίου 1822 πήρε μέρος σε μάχη που έγινε στην περιοχή μεταξύ των Κρητών επαναστατών και των πολιορκημένων στο φρούριο του Ρεθύμνου Τούρκων και σκοτώθηκε. Ετάφει στο χωριό, και έτσι ο οικισμός πήρε το όνομα της καταγωγής του. Όμως η εκδοχή αυτή δεν ευσταθεί αφού το τοπωνύμιο Γάλλου είναι αιώνες παλαιότερο του Βαλέστρα.
Μία άλλη εκδοχή αναφέρει ότι το χωριό πήρε το όνομά του από τον παλιό Ναό της Παναγίας της Γαλούς ή Γαλατούς, που ονομάστηκε έτσι επειδή στο κτίσιμο της εκκλησίας - κατά την παράδοση- χρησιμοποιήθηκε γάλα αντί νερό. Αυτό το αναφέρει ο Εμμανουήλ Λαμπρινάκης στην «Γεωγραφία της Κρήτης», Ρέθυμνο 1890. Όμως και η εκδοχή αυτή δεν μπορεί να γίνει αποδεχτεί για δυο λόγους:
Η παράδοση αυτή δεν διασώθηκε μέχρι σήμερα.
Γιατί το τοπωνύμιο Γάλλου γράφεται παντού με δυο λάμδα ενώ το γάλα γράφεται με ένα λάμδα.
Συγκεκριμένα το χωριό αναφέρεται ως «GALLOY» από τους Fr. Barozzi το έτος 1577, τον Καστροφύλακα το έτος 1583, από τους Basilikata το έτος 1630 ( μνημεία ke ιστ ν,128), και τον M. Coronelli το έτος 1696.
Η εκλεκτή συντοπίτισσα συγγραφέας Αργινή Γ. Φραγκούλη στο βιβλίο της<< Νοτιοανατολικά – Νοτιοδυτικά Ρεθεμνιώτικα χωριά του θρύλου και της Ιστορίας» 261-263σελ., αναφέρει ότι ως οικισμός Γάλλου γράφεται στις Ενετικές απογραφές του 16ου και 17ου αιώνα με το όνομα «Gallou». Ακόμη αναγράφεται με το ίδιο όνομα στην φρουριακή έκθεση του 1633 υπ’ αρθ. 7, για την συμμετοχή του στην επάνδρωση της φρουριακής θέσης Άγιος Ιωάννης Ερημίτης.
Επίσης, αναφέρεται ως Γάλλου σε πρωτόκολλο του Ρεθεμνιώτη Νοτάριου Ανδρέα Καλλέργη (1634-1646) . Η πιο ενδιαφέρουσα άποψη αναφέρεται από τον ιστορικό Στ. Σπανάκη στον τουριστικό οδηγό του, ότι το όνομα Γάλλου πιθανότατα οφείλεται στον πρώτο οικιστή που ονομαζόταν Gallo ( λατινικά ) όνομα βαπτιστικό και επώνυμο τεκμηριωμένο την εποχή της Ενετοκρατίας. (βλέπε «Santschi Regestes des arrest civils etc», venice 1976 σελ.34 Barozzi (2στ).
Το τοπωνύμιο συναντάτε παντού και έτσι έφτασε μέχρι και τις μέρες μας στη γενική πτώση «Γάλλου» και όχι Γάλλος όπως σε κάποιους χάρτες αναγράφεται, και αυτό δείχνει την περιοχή όπου εγκαταστάθηκε ο Γάλλος, που εννοείται ότι θα επρόκειτο για κάποιο σημαντικό πρόσωπο στην ενετική διοίκηση του Ρεθύμνου, αφού η εγκατάσταση του και μόνο στην περιοχή ήταν αρκετή για να προσδιορίσει το τοπωνύμιο. (πηγή: πολιτιστικός σύλλογος Γάλλου).